除了这些外，朱以海仍强调首级军功赏赐。
大明向来注重首功制，洪武年间，沿海出现倭乱，朱元璋给出的军功赏赐标准是凡总旗军士弓兵生擒一人者，赏银十两，斩首一级八两，民人生擒贼一人银十二两，斩首一级十两。
后来朱棣时期，连连出征漠北，更注重首功，他拟定的军中赏罚号令，明确规定，哨马生擒一贼，赏银三十两。斩获首级一颗，赏银二十两。
明宣宗时，南方蛮贼作乱，朝廷激励将士剿贼，出台新政策，斩贼首三颗及以上，军阶升一级，斩首两颗及以下，俘虏一两人、斩杀从犯，只给财物赏赐，不升军阶。
土木堡之变后，军功记首，更是成为明军主要激励制度。
明宪宗时，奖励制度更全面。
首先，按杀敌地域而给不同奖励，首功分四等，一等是宁夏、大同等地的北虏，斩获首级一颗就可官升一级，二等是辽东女真，斩获首级两颗可官升一级，三等是陕西、四川等地的番苗蛮贼，斩获首级三颗可官升一级。四等是内地反贼，斩获首级六颗可官升一级，四等功都以三级为上限，超出部份只给予物质赏赐，不升官。
其次，按杀敌性别、年龄不同区别奖赏，除北虏外，苗蛮、女真、反贼三等功中，妇女、幼男的首级不作为升官依据，只做物质赏赐依据，至于北虏，壮男、幼男、妇女的首级均做为升官依据，不同在于，若首级属于壮男升官为实授，若首级属于幼男、妇女只授予署职，即代理官职。
并且军官的奖赏与部下斩首数量挂钩，把总、指挥等军官，若领军五百，部下每斩首五颗可升一级，若领兵千人，部下每斩首十颗可升一级，其余以此类推，升级上限依旧为三级，都指挥使以及上的，最多署职两级。
大明经历二百多年，首功制度越来越重要，甚至出现同命不同价的情况。
首功制好处是比较直观，以人头为准，简单直接，但缺点是容易出现滥杀邀功，甚至是杀良冒功，甚至是军人之间卖首级功等情况。
由于首级成为军士升迁和赏赐的唯一依据，士兵普遍染上滥杀的恶习；但战争并不是常态化的事件，即使发生战争，也很可能拿不到人头，贪欲大增的士兵往往滥杀充数，杀边境夷民、杀敌军降将、杀部落幼男等现象屡禁不止。万历年间，有文臣上疏揭露：延镇边境上的夷民基本上都已经归顺明朝，但戍边将士为了追求军功，冲入夷民居住地，大肆屠戮，残暴和血腥可见一斑。更有甚者，在战场上割掉战友的首级，击杀被敌军掳去的国民邀功。
滥杀、杀良冒功、买功卖功，都是明军中的严重问题，甚至还有战场争首内斗的情况。
但对于如今的朱以海来说，明军不能战，兼之鞑虏、内贼等各方势力严重威胁，他不但得建立一支直属于自己的禁卫御营，不仅要靠厚饷养军，还得有较完善和丰厚的功赏制度激励士兵。
所以尽管不少大臣认为朝廷原来那一套功赏制度有问题，尤其是首级功赏有问题，但朱以海仍然坚持，并且正式下旨拟定了一套绍天朝的战功赏赐制度，不仅有攻城攻、冲锋功、水战功这些，也还有如侦察功，以及斩首功、缴获功等等详细规定。
在以前，蒙古人首级最值钱，然后是建州女真，再是苗蛮，最后是内贼，朱以海调整了一下，现在是满州鞑子最值钱，也就是八旗满州，包括八旗满州里的蒙古人、朝鲜人、汉人等，接着是八旗蒙古、八旗汉军，再然后是清军绿营，再是苗蛮，再是内地反贼，再是山贼土匪。
朱以海新拟的军功制度比较复杂，首先强调的还是集体军功，然后是个人军功，同时注重首级军功。
比如说按敌我双方兵力对比，以少击多，破城、破阵的战斗为上阵，双方力量相当的为中阵，以多击少的为下阵，然后再根据对敌杀获率，将杀获达到四成以上的为上获，二成的为中获，一成以下的为下获。
如此上阵上获功劳最大，下阵下获军功最小，又要根据士兵的表现再分为三等功，
上阵上获的第一等可得军功五转，上阵中获、中阵上获的第一等为四转，而下阵下获不分等，均为一转。
此外，又设立跳荡功，先锋功等。
这两个功相比起一般的三等功，相当于特等功之类的了，比如跳荡功非常严格，临阵对寇，矢石未交，先锋挺入，陷坚突众，贼徒因而破败者，为跳荡，这得是冲锋破阵者才行，而且，有严格数量限制。
破贼阵不满万人，则跳荡功不得超过十人，若破万人以上，则每一千人加一人，其先锋第一功，所叙不得过二十人。
俘虏一万人以上，其头首一人准跳荡功，一千人以上，准第一等例，贼数不满千人，量差等处分。
